蛋白檢索數據庫相關推薦

日期：2023-12-22 08:50:00

①UniProt：Universal Protein 的英文縮寫，UniProt是一個綜合性的、信息最豐富、資源最廣的蛋白質數據庫。提供了大量蛋白質的序列、結構、功能、互作關系和注釋信息。它整合了多個來源的數據，包括Swiss-Prot、TrEMBL和PIR數據庫。他的數據主要來自于基因組測序項目完成后，后續獲得的蛋白質序列。它包含了大量來自文獻的蛋白質的生物功能的信息。
UniProt: https://www.uniprot.org/

  ②proteinatlas：由十個獨立的部分組成，每個部分側重于人類蛋白質全基因組分析的一個特定方面。內含近30000種人類蛋白質的組織和細胞分布信息，有大量免疫組化圖片對比，并提供免費查詢。
  proteinatlas：https://www.proteinatlas.org/

  ③NCBI Protein：NCBI Protein是美國國家生物技術信息中心（NCBI）提供的蛋白質數據庫，包含了大量的蛋白質序列數據，可以進行蛋白質的基本信息查詢和比對分析。
  NCBI Protein: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/

  ④phosphosite：。PhosphoSitePlus數據庫是一個由CST和NIH聯合開發的免費資源數據庫，總結歸納了海量通過科學研究發現的蛋白修飾位點，包括磷酸化、甲基化、乙酰化、泛素化等，并包括一些公司發現但未發表的蛋白修飾位點。該數據庫是動態的、開放的、高度互動并持續更新的，有助于研究PTMs在細胞/組織中的作用，以及發現新的疾病標志物和藥物靶點，同時可以與NCBI/SwissProt/PDB交叉應用。
  phosphosite：https://www.phosphosite.org/homeAction.action

  ⑤InterPro：InterPro是一個蛋白質家族和結構域注釋數據庫，整合了多個注釋資源的信息。它提供了蛋白質序列的功能和結構域注釋，幫助研究人員理解蛋白質的功能和結構。
  InterPro: https://www.ebi.ac.uk/interpro/

  ⑥BioXFinder：BioXFinder是國內第一個也是唯一一個生物數據庫：收錄50多萬條高質量的、整合多個來源數據，手工注釋的非冗余的蛋白質信息，包含蛋白質的基本信息、序列、序列特征、功能、名稱和譜系、亞細胞定位、疾病與變異、翻譯后修飾、表達、相互作用等信息。
  BioXFinder：https://bio.bcpmdata.com/

  ⑦KEGG：KEGG是一個生物信息學資源，包括了基因組、基因、蛋白質、代謝通路和疾病等信息。它提供了蛋白質序列、功能注釋、代謝通路和信號通路的信息，用于研究生物系統和藥物開發。
  KEGG: https://www.genome.jp/kegg/

  ⑧Kazusa：這是日本一個專門的密碼子數據庫，在里面先輸入你要表達的動物的名稱，就可以得到關于這個哺乳動物表達系統的密碼子偏愛性表，然后把氨基酸序列翻譯成相應的偏愛密碼子就可以了！
  Kazusa：http://www.kazusa.or.jp/codon/

  ⑨CDD(Conserved Domain Database)：CDD是蛋白質保守結構域數據庫，收集了大量保守結構域序列信息和蛋白質序列信息。一個蛋白質的保守結構域在一定程度上體現了該蛋白質的功能，檢索時通過CD-Search服務，可獲得蛋白質序列中所含的保守結構域信息，從而分析、預測該蛋白質的功能。
  CDD：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml