最近，研究人員利用小RNA（small RNA，sRNA）深度測序鑒定miRNA在植物和動物基因表達過程中轉(zhuǎn)錄和后轉(zhuǎn)錄的調(diào)控功能，該技術(shù)也是植物和無脊椎動物中發(fā)現(xiàn)病毒的有效策略。由于小RNA片段中可能含有來自所有RNA分子的RNA代謝物，如rRNAs，tRNAs，mRNA，snRNA，snoRNA等，那么利用sRNA測序數(shù)據(jù)就有可能作為一種通用策略來鑒定除了病毒外的多種微生物，包括原核生物和真核生物病原體。為驗證這一猜想，軍科院微生物流行病研究所曹務(wù)春所長和童貽剛教授領(lǐng)銜團隊對野外捕獲的虱子和蚊子的sRNA測序數(shù)據(jù)進行了深入解讀*，成果發(fā)表在近期的PLoS ONE上。

在這項研究中，研究人員首先對野外捕獲的虱子和蚊子進行sRNA測序，將深度測序得到的clean reads與NCBI核酸集合（非冗余核酸數(shù)據(jù)庫）進行Blastn比對。然后將比對的結(jié)果進行了in-house Python scripts分析。研究人員提出了一個識別假定病原體的經(jīng)驗公式。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，不僅病毒還包括感興趣的原核生物和真核生物病原體可以被篩選出，并可被后續(xù)的實驗驗證。特別地是，在北京采集的長角血蜱（Haemaphysalis longicornis）中發(fā)現(xiàn)一個新的立克次氏體屬（Rickettsia spp.）。

研究結(jié)果表明sRNA深度測序數(shù)據(jù)的再利用可以追蹤病原體的來源或發(fā)現(xiàn)出現(xiàn)/再次出現(xiàn)的傳染疾病的新媒介。