從微生物中提取基因組DNA，人們多采用異硫氰酸胍進行裂解，不過對于有些細菌而言，仍需要繁瑣的預(yù)處理。加拿大舍布魯克大學(xué)（Université de Sherbrooke）的研究人員開發(fā)出一種快速而經(jīng)濟的gDNA提取方法，適用于各種濃度的細菌和酵母。這種新方法發(fā)表在《BioTechniques》3月刊上。

為了加速微生物的檢測和分析，許多分子生物學(xué)技術(shù)都經(jīng)過了優(yōu)化，如PCR、質(zhì)譜和測序。然而，DNA提取方法卻始終未見大的進展。異硫氰酸胍處理和硅膠柱的方法能夠從革蘭氏陰性菌中很好地提取DNA，但革蘭氏陽性菌或抗酸的細菌和酵母仍需要酶學(xué)或機械預(yù)處理。對于血液或尿液這種存在不同類型微生物的樣品而言，這很麻煩。

人們也嘗試了各種策略來增強異硫氰酸胍對微生物的裂解，包括機械法、酶學(xué)或化學(xué)處理。機械處理也許是最常用的方法，但可能將gDNA剪切成小的片段，限制PCR擴增子的量。對于含有不同類型微生物的樣品，這個問題就變得更加復(fù)雜，因為不同微生物可能需要不同的微珠和處理時間。酶學(xué)和化學(xué)裂解通常也是因微生物而異，往往更耗時。

在這項研究中，Laurie Vingataramin 和Eric H. Frost采用了一種稱為EtNa的新方法。它通過加熱乙醇堿性溶液而釋放出細菌和酵母中的單鏈DNA，關(guān)鍵是不同微生物的提取效率相似。當(dāng)微生物的身份未知，或提取不得忽視或偏向特定微生物時，這種方法就很有用。

之前，Frost與同事開發(fā)出原型方法，提取出金黃色葡萄球菌的DNA。此次，Vingataramin和Frost對EtNa方法進行了改良。它的具體過程是：在61%的乙醇、200 mM NaOH、2.25 mM EDTA溶液中重懸細菌沉淀，并在80°C下加熱懸液10分鐘。釋放出的單鏈DNA（ssDNA）隨后沉淀在微量離心管中，重懸后用于PCR（EtNa crude）。或者，將加熱后的混合物上樣到QiaAmp DNA Mini Kit的純化柱中，以純化gDNA（EtNa pure）。

研究人員以多種細菌和酵母為樣本，比較了EtNa方法及其他常用方法，包括QIAGEN的QiaAmp DNA Mini Kit和Life Technologies的ChargeSwitch gDNA Mini Kit。他們使用了100 μl樣本，其中包含107 rRNA當(dāng)量的白色念珠菌，或108 rRNA當(dāng)量的大腸桿菌或表皮葡萄球菌。結(jié)果表明，所有方法都成功提取了細菌DNA，但只有EtNa和LiOAc-SDS成功提取出酵母中的gDNA。

作者認(rèn)為，他們開發(fā)出一種快速、經(jīng)濟而可靠的裂解酵母和細菌的方法。EtNa試劑可用于臨床診斷或生物醫(yī)學(xué)研究中，在25分鐘內(nèi)處理各種生物樣品。通過這種方法獲得的ssDNA可直接使用，或經(jīng)過硅膠柱進一步純化。