隨著全基因組測序成本不斷下降，外顯子組測序將有可能很快銷聲匿跡。Janelle Weaver報道了一些研究人員認為外顯子組測序末日來臨的原因。

上接：外顯子組測序最后的日子(上）

華盛頓大學醫學院遺傳學家Anne Bowcock認為 Hayward等的研究證實了外顯子組測序的臨床意義。“如果我們能找到遺傳原因，它將有可能為我們指明一條改變了的信號通路，并有可能已經存在了可用于靶向這種疾病的藥物。這將徹底變革醫療，”Bowcock說。

此外，外顯子組測序還可用來作為臨床診斷工具。然而，存在的一個主要障礙是許多的醫療保健機構都缺乏必要的資源投資昂貴的設備，聘請包括生物信息學等方面的有關專家。“直到最近生物信息學在醫學中才顯現出重要性，這還只是剛剛開始意識到培養生物信息學家幫助解析醫學數據，是多么的重要，”Robinson說。

尤其是，仍然存在強烈的需要改進包含更多醫療相關數據的數據庫。人類遺傳變異數據庫被用于過濾不太可能是罕見孟德爾疾病原因的常見變異。如果存在一種系統能夠迅速可靠地將患者數據與來自各種數據庫的信息相整合，臨床評估將更加有效。“我們不能用兩天時間來查看基因組。必須要快，因為每位患者的時間不會超過2小時。我們現在確實距離遙遠。

權宜措施

安捷倫（Agilent）和Illumina等幾家公司提供了來自外顯子組的選擇性富集序列。理論上，這些試劑盒采用了一種類似于Bowcock及同事、華盛頓大學遺傳學家Michael Lovett在2005年的《自然方法》（Nature Methods）雜志上描述的直接基因組選擇策略的方法。

盡管有助于推動直接基因組選擇，快速選擇性的富集跨多個大基因組區域的特異序列，Bowcock承認外顯子組測序存在它的局限性。例如，這種方法不能優化檢測拷貝數變異、染色體重排和重復突變。此外，跨外顯子的覆蓋度可能并不一致，大約10%的外顯子會被不充分覆蓋或錯過。當時，開發者們“知道這是測序基因組達到廉價之前的一個權宜之計，”Bowcock解釋道：“一旦基因組測序降到3000-5000美元，我想我們將會開始轉而采用全基因組測序。

技術進步有可能很快會將個體全基因組測序的成本將到1000美元，這將對大量的患者進行全基因組測序成為可能。測序全基因組將使得科學家們能夠檢測非編碼區變異與疾病之間的關系，有可能幫助克服與外顯子組測序相關的潛在缺陷。“我很樂觀地認為大多數實驗室將在短短的兩年之后轉而選擇全基因組分析，我們有可能發現臨床應用也只是在幾年之后的事情，”Hayward說。

但是全基因組測序也將伴隨另一系列的問題，包括昂貴的數據儲存及大量的分析數據。目前，一些臨床測序中心已經有能力儲存和分析大量來自全基因組測序的數據。然而最終，這種增加的數據加載將導致患者更長時間的等待。現在，需要幾個月的時間才可以做出診斷。“對于癌癥患者而言，當前所需的時間實在是太長。我們需要把整個時間縮短到短短數周，”Hayward說。

但Hayward表示他看到了光明的未來。“我們認為隨著新技術的出現是完全可行的，因為它們會變得越來越快，有討論認為從現在起一年內就可能實現一天完成全基因組測序，”Hayward說。