“跳躍基因”（jumping genes）一詞指的是基因編碼的物理交換過程中基因信息在物種間的交換。人類也不可避免的受到一些疾病基因編碼的侵襲，在人類漫長的進化歷史中始終伴隨著某些疾病所帶來的危害，比如癌癥。

    逆轉錄病毒感染在動物的進化歷史長河中已經存在了上百萬年。在有些情況下，寄生的基因會融入到宿主的種系中，這就是內源性逆轉錄病毒。你可以把其理解為保存在基因中的“化石”，人類基因中高達8%是由這些“化石”所組成。

    在經過數百萬年的基因變化，大部分內源性逆轉錄病毒是保持休眠狀態；但有些仍然會發揮其基因編碼的作用，它們的作用有好有壞，有些能調節宿主的免疫 反應，有些則會促使疾病的發生，如多發性硬化和某些類型的癌癥。但在目前，年代超過2.5億年前的逆轉錄病毒序列不能在今天的基因組中被發現。

    文章作者比較了兩種計算方法：基本的系統發育方法（basic phylogenetic method）和需要密集計算的蒙特卡羅馬爾科夫鏈（Monte Carlo Markov Chain，MCMC）方法，研究者發現這兩種方法對于小于4000萬年的內源性逆轉錄基因的預測都比較相近。而大于4000萬年的結果則出現了明顯分 歧，年代久遠，分歧越大。

     兩種方法各有優劣，當數據量大的時候MCMC方法的計算會非常耗時。對于全基因組研究來說，在保證計算可行性和準確性的時候，簡單的系統發育方法則是一個較好的選擇。