腭裂是一種常見的先天性疾病，新生兒發病率高達1/2500，在患病個體及其家庭中有著相當高的發病率。腭裂的病因很復雜，與遺傳和環境因素相關。轉錄因子編碼基因p63以及干擾素調控因子6（IRF6）的突變曾被分別鑒定出，作為腭裂的原因。

IRF6基因編碼了一種轉錄因子，它的特點為高度保守的DNA結合結構域以及不那么保守的蛋白互作結構域。IRF6的突變引起了范德伍茲綜合征（VWS）和腘翼綜合征（PPS）。這些均為常染色體顯性遺傳病，特征為不同程度的唇裂、腭裂、下唇瘺，牙齒，外胚層和生殖器畸形。

p63基因使用2個不同的轉錄起始點和選擇性剪接，編碼了至少6個蛋白變體。所有異構體都包含了DNA結合和異構化結構域，但是它們激活或抑制目標基因的能力有所不同。

盡管IRF6和p63在口面發育中的作用確定，但對它們參與的分子通路還知之甚少。在本研究中，研究人員使用小鼠模型和來自腭裂患者的人原代角化細胞，以證明IRF6和p63在次生腭發展過程中上位互作。同時攜帶p63的雜合缺失以及Irf6敲入突變R84C（它會導致人的腭裂）的小鼠表現出外胚層發育異常，并導致腭裂。

為了解析這種遺傳互作的機制，研究人員使用了染色質免疫沉淀（ChIP）結合深度測序分析（ChIP-seq），發現IRF6是p63的一個直接目標基因，p63通過一個增強子元件反式激活了IRF6；此元件的基因變異與唇裂的易感性增高有關。測序分析是在ILLumina的測序平臺上開展的。

至此，研究人員確定p63為腭發展過程中的一個關鍵調控分子，并提出了一種機制，說明p63和IRF6在人和小鼠的口面發育中的協同作用。今后還需要進一步研究來說明這些基因如何被調控，并鑒定它們各自或共有的目標，這些工作有可能發掘出更多與腭裂相關的候選分子。